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那些关于CT模体你不知道的事儿
点击次数:127 发布时间:2019-12-10
   那些关于CT模体你不知道的事儿
  CT是电子计算机断层扫描,它是利用精确准直的X线束、γ射线、超声波等,与灵敏度极高的探测器一同围绕人体的某一部位作一个接一个的断面扫描,具有扫描时间快,图像清晰等特点,可用于多种疾病的检查。
  扫描所得信息经计算而获得每个体素的X射线衰减系数或吸收系数,再排列成矩阵,即数字矩阵,数字矩阵可存贮于磁盘或光盘中。经数字/模拟转换器把数字矩阵中的每个数字转为由黑到白不等灰度的小方块,即像素,并按矩阵排列,即构成CT图像。所以,CT图像是重建图像。每个体素的X射线吸收系数可以通过不同的数学方法算出。
 

  CT模体表示蛋白质中具有特定空间构象和特定功能的结构成分。蛋白质中的CT模体也可仅由几个氨基酸残基组成,例如纤连蛋白中能与其受体结合的肽段,只是RGD三肽。
  对不同方法在同一个蛋白质家族上建立的不同CT模体进行比较,从而推断出具有生物意义的CT模体。本文在PROSITE数据库中选取7个细胞因子家族,采用MEME和HMMER两种CT模体识别方法分别识别每个家族的CT模体,将每个CT模体看作一个分类器,通过计算同一家族的每个CT模体的敏感性和特异性并比较它们对应的接收机操作特性曲线,进而比较不同CT模体,确定真的CT模体和排除假的CT模体,从而获得每个蛋白质家族的CT模体的模型。这种策略可以应用于对任意蛋白质家族CT模体识别结果的评价。此外,还可以利用CT模体搜索数据库的结果预测每个家族的新成员。
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