CT和磁力共振这两种检查方法，由于成像原理不同，各自检查的适应症是不同的。
　　(CT)检查说到底是X线检查，它可进行全身各脏器扫描，扫描速度快，几秒或十几秒时间，就可进行某个器官或全身的检查。
　　但和普通X线检查一样，过度进行CT检查，对人体的辐射量有明显的危害，特别是儿童，更不要频繁做。
　　(MRI)磁力共振，是利用磁场和无线电脉冲成像，一种较安全的检查，适合任何人群，包括儿童和孕妇。
　　但磁共振的应用以前受到一些限制，主要是扫描速度慢，现在改变为全数字化的磁共振设备，扫描的时间越来越快，让病人受益很多。以前做一个腹部检查需要大约50分钟，甚至更长时间，现在10分钟左右就解决问题。又如做脑神经系统扫描，现在只要8分钟左右，甚至更快。以前，一些微小的病变可能看不清楚，一些组织器官或病变或的内部结构，在图像上显示得模棱两可，现在可显示得较清晰了。
　　磁力共振的检查时间，虽然比以前快了很多，但和CT比较仍然较慢；另外磁力共振检查时噪声大，虽然进行了一些降噪处理，要完全去除噪声，目前仍需一段时间，所以检查时，医生会给病人带上耳塞，以减轻噪声对病人的心理影响。
　　CT和磁力共振，从检查功能上来讲，有重叠的地方，但又不能相互替代，要根据病人具体情况选择。
　　对于软组织病变、肿瘤等，作磁力共振检查的分辨率高于CT。
　　所以，一般神经系统(包括脑、脊髓)、腹部实质性器官(肝、胰腺、肾脏)、乳腺及身体各部位的关节，以及全身的软组织等，磁力共振检查有优势。
　　对于像肺、胃肠这样含气的器官，或者想了解冠状动脉的情况，CT检查是首选。